Kastration af hangrise:
Det er tilladt at kastrere hangrise – også de økologiske. Det sker, når grisene er et par dage gamle for at fjerne risikoen for udvikling af en grim lugt og smag af orne, der typisk udvikler sig i kødet hos cirka 10 pct. af hangrisene. Kastration sker i dag under lokalbedøvelse af hangrisene. Problemstillingen stiller den økologiske griseproducent i dilemmaet mellem dyrevelfærd og naturlighed på den ene side og forbrugernes forventninger, slagteriernes krav og økonomi på den anden side. Der forskes intensivt i at løse problemerne med ornelugt, f.eks. med vacciner, sådan at man kan undgå at kastrere hangrise.
Større dødelighed:
I den økologiske produktion kan der være større dødelighed blandt økologiske pattegrise. Det skyldes bl.a., at det er vanskeligere at overvåge dyr i fritgående produktionssystemer samt at naturen kan være farlig. For eksempel sker det, at rovdyr som ræve, rovfugle eller ravne æder nogle af pattegrisene. Dyrene udsættes på friland også i højere grad for parasitter og infektioner, når de færdes ude i det fri. Den højere dødelig blandt pattegrise skyldes dels, at soen kan komme til at lægge sig på pattegrisene i hytten, dels at pattegrisene ikke er så robuste, som man kunne ønske sig, når de skal klare sig i et udendørs system. Hvis soen føder mange unger i hvert kuld, bliver de enkelte ungerne mindre og dermed generelt mindre robuste. Derfor avles der efter færre, men større og mere robuste grise i hvert kuld.
Medicin og syge dyr
Syge dyr skal behandles, men medicin må ikke bruges forebyggende i det økologiske husdyrhold. Der er således strenge regler for brug af antibiotika og anden medicin til økologiske husdyr. Behandling med medicin kræver, at en dyrlæge har konstateret et behov for medicinering. Ved brug af medicin er der dobbelt så lang tilbageholdelsestid i forhold til den tid, der er fastsat af Lægemiddelstyrelsen for det pågældende præparat. Det vil sige, at når et dyr har fået medicin, skal der gå dobbelt så lang tid, før det må afleveres til slagteriet, eller mælken må bruges, end hvis det var fra en konventionel besætning. Der er også regler for, hvor mange gange et dyr må få medicin for forsat at kunne opretholde sin økologiske status. For eksempel må en slagtegris kun få medicin én gang. Har den behov for medicin to gange, skal den naturligvis behandles – men den må ikke længere sælges som økologisk.
Der anvendes generelt mindre medicin i det økologiske husdyrbrug end i den øvrige husdyrproduktion.