Ukrudt og skadedyr:
Udbyttet i en mark kan blive alvorligt reduceret, hvis ikke ukrudt og skadegørere som insekter, bakterier og svampe kan kontrolleres. I det konventionelle landbrug kan landmanden håndtere udfordringerne ved at anvende kemiske bekæmpelsesmidler. Det værktøj har økologen ikke.
Mængden af ukrudt kan til dels holdes nede ved hjælp af et velgennemtænkt sædskifte. Dvs. at man varierer mellem afgrøder, der på den ene eller anden måde kan udkonkurrere specifikke ukrudtsplanter. Ellers bekæmpes ukrudt mekanisk med ukrudtsharver og strigler, eller med GPS-styrede lugerobotter, der vinder større og større indpas i især grønsagsproduktionen.
Skadedyr bekæmpes som udgangspunkt forebyggende gennem sædskiftet. De enkelte plantearter har særlige udfordringer, når det kommer til sygdomme og skadedyr, og derfor er det væsentligt at skifte rundt mellem afgrøder og marker, så et års skadedyr ikke får mulighed for at styrke sig i den efterfølgende dyrkningssæson.
Biologisk bekæmpelse er også meget anvendt i økologien. Enten ved at sikre gode vilkår for fugle og andre af skadedyrenes naturlige fjender, eller ved, som i væksthuse, at indsætte hjælpe-insekter der lever af de skadedyr, der ellers kunne reducere udbytterne.
Økologer kan i særlige kritiske tilfælde få lov til at anvende enkelte naturlige midler til at bekæmpe skadedyr med. Det kan f.eks. være særlige planteudtræk, planteolier eller sæbe.